提出如下問題:
我公司于2011年9月股東以3000萬作為轉讓價格，股東由法人企業A轉給法人企業B和個人D,其中B企業占99% 金額2970萬，D個人點1%，金額30萬元。2011年9月30日公司的所有者權益情況如下：
期初數 期末數
負債合計 100,468,802.57 124,554,688.73
所有者權益:
實收資本 5,002,857.00 30,002,857.00
資本公積
盈余公積
其中:公益金
未分配利潤 -738,066.76 3,989,588.78
所有者權益合計 4,264,790.24 33,992,445.78
負債給所有者權益總計：104,733,592.81 158,547,134.51
提問：該企業是2005年以前注冊的企業，企業所得稅在地稅繳納，現地稅對以前的股權轉讓作檢查，提出總資產減總負債，減注冊資本，轉讓企業A要按增加的3989588.78元來交營業稅及企業所得稅，印花稅。請問老師該地稅的這種算法是否合理？另該企業的這種轉讓方式具體要承擔那些稅種，大至多少？ 謝謝！
尊敬的會員：
您提出的問題專家解答如下:1、股權轉讓：
1）對股權轉讓不征收營業稅（財稅【2002】第191號）。(轉讓方)
2）企業股權轉讓所立的書據按0.5‰稅率繳納印花稅（國稅發【1991】155號）。(合同雙方)
3）轉讓股權收入扣除為取得該股權所發生的成本后，為股權轉讓所得。企業在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額。
（(轉讓方為法人)
《國家稅務總局關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》
國稅函[2010]79號
三、關于股權轉讓所得確認和計算問題?
企業轉讓股權收入，應于轉讓協議生效、且完成股權變更手續時，確認收入的實現。轉讓股權收入扣除為取得該股權所發生的成本后，為股權轉讓所得。企業在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額。
4）自然人轉讓股權，以股權轉讓價減除原始投資成本后的余額為應納稅所得額，繳納個人所得稅。
5）有關對納稅人或扣繳義務人的規定：
《關于加強股權轉讓所得征收個人所得稅管理的通知》國稅函[2009]285號
一、股權交易各方在簽訂股權轉讓協議并完成股權轉讓交易以后至企業變更股權登記之前，負有納稅義務或代扣代繳義務的轉讓方或受讓方，應到主管稅務機關辦理納稅（扣繳）申報，并持稅務機關開具的股權轉讓所得繳納個人所得稅完稅憑證或免稅、不征稅證明，到工商行政管理部門辦理股權變更登記手續。
三、個人股東股權轉讓所得個人所得稅以發生股權變更企業所在地地稅機關為主管稅務機關。納稅人或扣繳義務人應到主管稅務機關辦理納稅申報和稅款入庫手續。主管稅務機關應按照《個人所得稅法》和《稅收征收管理法》的規定，獲取個人股權轉讓信息，對股權轉讓涉稅事項進行管理、評估和檢查，并對其中涉及的稅收違法行為依法進行處罰。
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