提出如下問題:
我公司是園林綠化施工工程公司，是一般納稅人，現在有以下幾個問題麻煩答復一下：1、我公司購進的農戶跟農民合作社的苗木免稅發票可以計算抵扣進項稅額，如果購進的是綠化公司的苗木免稅發票（綠化公司有苗木經營許可證）能不能計算抵扣進項稅額？2、我公司購進的免稅農藥能不能計算抵扣9%的進項稅額？3、我公司及我周邊的同行在確認增值稅及企業所得稅的納稅義務發生時間都是以開票時間同時確認的，企業所得稅做不到按照完工進度確認啊？因為業務跟財務始終是脫節的，再加上還有好多掛靠我公司的項目啊？如何改進做賬4、我公司有大量的掛靠業務，每個項目招標用的投標保證金都是掛靠人將現金打入我公司出納人員的卡內，然后大量的現金通過個人的卡進行交易，如何解決此問題？5、請問一個綠化公司有苗圃基地，公司財務賬上的存貨跟苗圃地里的存貨品名及數量是無法相符，存在賬實不相符的財稅風險，如何規避？還有苗圃的賬務處理如何處理？還想問一下：1、工程設計合同的稅率是按設計服務繳納6%的稅率還是按建筑工程繳納9%的稅率？2、勞務合同或者建筑勞務交不交納印花稅？
尊敬的會員：
您提出的問題專家解答如下:增值稅一般納稅人購進農產品，從按照簡易計稅方法依照3%征收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票的，以增值稅專用發票上注明的金額和9%的扣除率計算進項稅額。
增值稅一般納稅人(農產品深加工企業除外)購進農產品，取得（開具）農產品銷售發票或收購發票的，以農產品銷售發票或收購發票上注明的農產品買價和9%的扣除率計算進項稅額。農產品銷售發票必須是農業生產者銷售自產農產品適用免稅政策開具的普通發票。
1.可以計算抵扣。
2.按9%計算抵扣。
3.增值稅與所得稅收入的確認條件不一樣，需要按各自的確認條件確認收入，這就需要財務與業務多溝通，以解決脫節問題，掛靠業務也應當按自有工程來核算。
4.投標保證金應打到公司賬戶，先在其他應付款--業務員核算，待工程完工，對方退回后，再把款項付給業務員。
5.綠化公司賬上的存貨應與實際存貨是相符的，您公司不符，肯定存在問題，要查清不符的原因，做到賬實相符，如果存在虛抵進項的情況，那么您的這部分存貨是沒法與符合的，只能是不再發生虛進發票的情況，慢慢消化。
6.設計服務不屬于建筑服務的內容，應按6%稅率。
7.根據《中華人民共和國印花稅暫行條例》：
第二條 下列憑證為應納稅憑證：
（一）購銷、加工承攬、建設工程承包、財產租賃、貨物運輸、倉儲保管、借款、財產保險、技術合同或者具有合同性質的憑證；勞務合同不用繳納印花稅，建筑勞務屬于建筑工程承包合同需要繳納印花稅。
本答疑每次答疑最多的題為3問，本次已全部回復，如還有疑問請再提問，謝謝對我們工作的支持！
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